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233 Jahre nach seiner Anerkennung wurde der Jesuitenorden 1773 durch Papst Clemens XIV. aufgehoben. Dabei ging es – wie eigentlich meistens in der Kirchengeschichte – um reine Machtpolitik. Die Jesuiten waren in den Augen der Könige von Frankreich, Spanien und Portugal, den damaligen Grossmächten, zu einflussreich geworden. Sie setzten den Papst so lange unter Druck bis er nachgab.
1758 wurden die Jesuiten in Portugal verdächtigt, hinter einem Attentat auf den König zu stecken. Sie wurden ausgewiesen und ihre Güter wurden eingezogen. In Frankreich waren sie dem König im Weg, der die Macht des Papstes einschränken wollte. Und in Spanien wurde den Jesuiten ihr Einsatz für die Ureinwohner Südamerikas zum Verhängnis. Immer wieder wurde ihnen vorgeworfen, die Bevölkerung gegen die Könige aufgewiegelt zu haben. Für viele Vertreter der Aufklärung wurden sie zudem zum Feindbild eines antiquierten Weltbilds.
Der Ruf, politische Drahtzieher im Auftrag des Papstes zu sein, hing den Jesuiten selbst nach ihrer Wiederzulassung 1814 hartnäckig an. Auch das Jesuitenverbot in der Schweiz geht darauf zurück. Es wurde noch 1874 in der Bundesverfassung verankert und erst 1973 durch eine Volksabstimmung aufgehoben.